Os "jihadistas" atacaram ao início do dia o quartel situado em Nassoungou, uma cidade próxima da fronteira com o Mali e a cerca de 260 quilómetros da capital do Burkina Faso, Ouagadougou.
Os atacantes também incendiaram as instalações e veículos militares, disse à agência norte-americana Associated Press um oficial da segurança, que não quis ser identificado por não estar autorizado a falar a jornalistas.
O Burkina Faso tem sido palco de alguns ataques desde que extremistas ligados à Al-Qaida realizaram um atentado em Ouagadougou em Janeiro, matando 30 pessoas.